Zadruga je bila ustanovljen leta 1900. Takrat sta bili ustanovljeni mlekarski zadrugi v Cerkljah in v Šenčurju. Leta 1909 je z delom pričela še živinorejska zadruga v Cerkljah. Tudi po ostalih vaseh so takrat nastajale različne zadruge, katere so se s časom združevale, preimenovale ali kako drugače organizirale. Leta 1959 je na območju sedanje kmetijske zadruge delovalo 6 zadrug (Brnik, Cerklje, Šenčur, Velesovo, Zalog in Voklo), ki se leta 1964 združijo v eno zadrugo in sicer Kmetijsko zadrugo Cerklje. Leta 1964 sta se združili takratni zadrugi Šenčur in Cerklje v enovito zadrugo Cerklje. Z združitvijo z zadrugo Moravče (2006) je nastala zadruga v sedanji obliki – Kmetijska zadruga Cerklje, z.o.o.